[写真]理研、超並列分子動力学計算ソフトウェアを開発―スパコン「京」で巨大生体分子システムをシミュレーション
2015年5月12日 17:49
分子集団系の原子間相互作用を示す図。分子動力学計算では、原子を「電荷を持った質点」として近似し、それらがバネでつながっている分子モデルを扱う。分子が多数集合した系に対しては、原子同士の相互作用を結合性相互作用（伸縮振動、変角振動、二面角変化に伴う相互作用）と非結合性相互作用（ファンデルワールス相互作用とクーロン相互作用）に分けて計算する。（理化学研究所の発表資料より）
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